Как мне защищать поддомены сайта?

Просто поставьте код GTM на все ваши поддомены и защита заработает на них. Главное, чтобы все поддомены имели общий код счетчика метрики, так как всю информацию по блокировкам мы передаем в ОДИН сегмент, код счетчика которого вы указываете при подключении сайта к защите от скликивания в Яндекс.